Khu vực mà ngày nay Malawi từng có một số dân nhỏ dân cư sống săn bắt-hái lượm trước khi những làn sóng di cư của người Bantu từ phía bắc tràn đến vào khoảng thế kỷ thứ X. Dù đa số người Bantu tiếp tục hướng về phía nam, một số định cư tại đây và tạo nên những nhóm dân tộc dựa trên tổ tiên chung.[9] Tới năm 1500, những bộ tộc thành lập nên Vương quốc Maravi đã thiết lập nên một lãnh thổ trải dài từ Nkhotakota ở phía bắc đến sông Zambezi ở phía nam và từ hồ Malawi ở phía đông tới sông Luangwa (tại Zambia ngày nay) ở phía tây.[10]

Không lâu sau năm 1600, khi khu vực này đã được thống nhất dưới một vị quân chủ, người dân địa phương bắt đầu tiếp xúc, giao thương và liên minh với các thương gia người Bồ Đào Nha. Tuy nhiên, tới khoảng 1700, vương quốc này "vỡ" ra nhiều thành tiểu quốc, dưới sự quản lý của nhiều dân tộc khác nhau.[11] Mạn lưới buôn bán nô lệ Swahili-Ả Rập tại đây đạt đỉnh cao vào giữa thế kỷ XIX, khi chừng 20.000 người bị nô lệ hóa và bị mang đi mỗi năm từ Nkhotakota tới Kilwa, nơi họ bị đem bán.[12]

Nhà truyền giáo và thám hiểm David Livingstone tìm đến hồ Malawi (khi đó là hồ Nyasa) năm 1859 và xác định rằng cao nguyên Shire phía nam hồ là khu vực thích hợp cho sự định cư của người châu Âu. Do kết quả của sự thám hiểm của Livingstone, nhiều nơi truyền giáo phái Anh giáo và Giáo hội Trưởng Nhiệm đã được thiết lập trong hai thập niên 1860 và 1870, Công ty Trách nhiệm hữu hạn Hồ châu Phi thành lập năm 1878 để tạo nên mạng lưới giao thương và vận tải, có quan hệ mật thiết đến những điểm truyền giáo kia. Một điểm dân cư và truyền giáo nhỏ được thành lập năm 1876 tại Blantyre và một lãnh sự quán Anh được xây dựng ở đây năm 1883. Do chính phủ Bồ Đào Nha cũng quan tâm đến vùng nay nên, để chống lại sự chiếm cứ của Bồ Đào Nha, chính phủ Anh đã gửi Harry Johnston làm lãnh sự viên để ký kết những hiệp ước với các nhà lãnh đạo địa phương nằm ngoài tầm kiểm soát của Bồ Đào Nha.[13]

Năm 1889, một xứ bảo hộ Anh ra đời trên Cao nguyên Shire, được mở rộng năm 1891 ra toàn bộ lãnh thổ Malawi ngày nay, có tên Xứ bảo hộ Trung Phi thuộc Anh.[14] Năm 1907, nó được đặt lại tên là Nyasaland và cái tên này được sử dụng cho đến hết thời gian thống trị của Anh.[15] Một ví dụ điển hình của cái gọi là "Thin White Line" (Đường trắng mỏng) của chính phủ thuộc địa là châu Phi, là khi chính phủ Nyasaland được thành lập năm 1891. Những người quản lý được trả 10.000 bảng (giá trị 1891) mỗi năm, đủ để thuê mười dân thường châu Âu, hai nhân viên quân đội, bảy mươi người Sikh Punjab và tám mươi lăm người khuân vát Zanzibar. Tất cả được giao nhiệm vụ điều hành và quản lý một lãnh thổ rộng 94,000 kilômét vuông với dân số từ một đến hai triệu người.[16]

Năm 1944, Quốc hội châu Phi Nyasaland (NAC) được thành lập bởi người châu Phi tại Nyasaland.[17] Năm 1953, Anh hợp nhất Nyasaland với Bắc và Nam Rhodesia để tạo nên Liên bang Rhodesia và Nyasaland, thường gọi là Liên bang Trung Phi (CAF),[15] vì nhiều lý do chính trị.[18] Liên bang này bán độc lập, và trong đó NAC được ủng hộ rộng rãi. Một người đối lập của CAF là Hastings Banda, một bác sĩ từng học tập tại châu Âu và làm việc tại Ghana, người đã được thuyết phục để trở lại Nyasaland năm 1958. Banda được bầu làm lãnh đạo NAC và làm việc để động viên tinh thần dân tộc trước khi bị bỏ tù bởi chính quyền thực dân năm 1959. Ông được phóng thích một năm sau đó, và được mời góp phần soạn thảo hiến pháp mới của Nyasaland, giúp đưa người châu Phi lên chiếm phần đông Hội đồng Lập pháp.[9]

Năm 1961, Đảng Quốc hội Malawi (MCP) giành được phần lớn phiếu bầu trong cuộc bầu cử Hội đồng Lập pháp và Banda trở thành Thủ tướng năm 1963. Liên bang Rhodesia và Nyasaland tan rã năm 1963, và ngày 6 tháng 7 năm 1964, Nyasaland độc lập khỏi Anh và lấy tên là Malawi. Dưới hiến pháp mới, Malawi trở thành một nước cộng hòa và Banda là tổng thống đầu tiên. Nó cũng khiến Malawi trở thành một nhà nước đơn đảng với MCP là đảng hợp pháp duy nhất. Trong gần 30 năm, Banda quản lý một chế độ độc tài cứng nhắc, đảm bảo rằng Malawi không bị lôi kéo vào những cuộc sung đột vũ trang.[19] Những đảng đối lập, gồm Phong trào Tự do Malawi của Orton Chirwa và Liên minh Xã hội Chủ nghĩa Malawi, phải lưu vong bên nước ngoài.

Dưới áp cực của các yêu cầu tự do chính trị, Banda đồng ý tổ chức một cuộc trưng cầu ý dân năm 1993, khi phần lớn người dân yêu cầu một chế độ dân chủ đa đảng. Cuối năm 1993, một hội đồng tổng thống được lập ra, và một hiến pháp mới được áp dụng, kết thúc sự thống trị của MCP.[19] Năm 1994, trong cuộc bầu cử đa đảng đầu tiên của Malawi, Banda đã bị đánh bại bởi Bakili Muluzi. Tái đắc cử 1999, Muluzi tiếp tục làm tổng thống cho tới năm 2004, khi Bingu wa Mutharika đắc cử. Dù môi trường chính trị được mô tả là "nhiều thử thách", tới nay chế độ đa đảng vẫn tồn tại ở Malawi.[20]